Die DNA besteht aus Phosphatgruppen im Rückrat und ist damit negativ geladen. Um dies also zu binden, was die Funktion von Nukleosomen ist, müssen die Aminosäureseitenketten also positiv geladen sein, da sich gleiche Pole anziehen.
Hydrophobe Gruppen: Dies wäre nicht möglich, da die DNA hydrophil ist und somit sich nur mit hydrophilen Molekülen verbindet. (gleiches mischt sich mit gleichem)
Säuregruppen: Säuregruppen sind negativ geladen und würden eher elektrostatische Abstoßungen mit der DNA verursachen.
Akzeptoren für Wasserstoffbrückenbindungen: Dies wäre möglich, da das DNA Rückgrat Wasserstoffbrückenbindungen ausbilden kann, jedoch ist es hier nicht der gewollte Mechanismus.
Donatoren für Wasserstoffbrückenbindungen: Ähnlich wie Akzeptoren können sie beteiligt sein, dominieren jedoch nicht die Histon-DNA-Interaktion.