• Länge des Plasmids ohne überhängende Nukleotide: Nicht direkt gegeben, aber für diese spezifische Frage irrelevant, da nur die Länge des hinzugefügten DNA-Fragments und die Logik der Ligation betrachtet werden muss.
• Länge der hinzugefügten DNA-Fragmente ohne Überhänge: 1004bp

Da beide DNA-Moleküle mit der gleichen Restriktionsendonuklease geöffnet wurden, können sie an ihren komplementären klebrigen Enden ligiert werden. Dies bedeutet, dass das hinzugefügte DNA-Fragment direkt an die Schnittstellen des geöffneten Plasmids binden kann, ohne dass es zu einer Veränderung der Länge durch die überhängenden Nukleotide kommt. Das führt uns zu der Überlegung, dass die Länge des kürzesten DNA-Moleküls durch die direkte Ligation des DNA-Fragments (1004bp) ohne zusätzliche Nukleotide entsteht.
Jedoch, die Fragestellung impliziert, dass die Überhänge eine Rolle spielen könnten, obwohl sie in der direkten Berechnung nicht hinzugefügt werden. Die Tücke liegt hier im Verständnis der Frage: Die Länge des hinzugefügten DNA-Fragments (1004bp) erhöht sich nicht durch die Überhänge, sondern durch die Art, wie es ligiert wird. Die Schwierigkeit besteht darin zu erkennen, dass das Plasmid und die hinzugefügten Fragmente so ligieren können, dass die minimal mögliche Länge des finalen Moleküls 1006bp beträgt, was der Länge des DNA-Fragments plus die korrekte Verbindung beider Enden durch die Ligation entspricht. Somit hat sich das zweite hinzugefügte DNA-Fragment mit sich selbst zu einem kleinen Ring verbunden. Dies funktioniert, da beide Ende mit derselben Restriktionsendonuklease geöffnet wurden.